تأسس القسم في البداية كجزء من كلية التربية بدمياط بمقتضى القرار الوزاري رقم 1142 بتاريخ 25 نوفمبر 1976م، وبدأت الدراسة فعليا في 1 يناير 1977م بالمقر القديم بدمياط القديمة.

 في عام 1985، تم نقل تابعية القسم إلى كلية العلوم، التي تأسست بدمياط بموجب القرار الجمهوري رقم 303 لسنة 1985. بدأت الدراسة في كلية العلوم في العام الجامعي 1985/1986، وكانت تابعة حينها لجامعة المنصورة. استمرت تبعيتها لجامعة المنصورة حتى صدور القرار الجمهوري رقم 19 لسنة 2012، الذي نص على إنشاء جامعة دمياط كجامعة مستقلة، يكون مقرها مدينة دمياط الجديدة.

 في عام 1996، تم نقل كلية العلوم من مقرها القديم في مدينة دمياط القديمة إلى مقرها المؤقت الحالي بجوار مبنى جهاز التعمير في مدينة دمياط الجديدة.